孙效文，作为水科院重点研究领域首席科学家，建立了基于亲本遗传距离的分子育种技术和基于QTL结果的分子育种技术，设计了两种相应的计算机选育种软件、开展了前人没有选育的性状(肌间刺、脂肪、抗病、耐高碱)的分子育种研究、建立了大规模混合群体(500个家系)中优良家系鉴别技术、建立了生长和抗寒基因/QTL溯源为核心的分子种质鉴定技术、建立了基于分子遗传背景的良种群体保种技术等。主持过相关科研项目16项，支持金额11000万元；授权发明专利3项。共发表研究论文136篇，出版论著2本。开展的分子育种技术在鲆鲽鱼类育种中的研发与产业化项目，极大地促进了海水养殖的良种化进程。
